Antes de la llegada de los europeos, el valle y sus montañas eran territorio de los jirajaras, un pueblo de cuya lengua procede, según la tradición, el nombre del río y del estado. Ese pasado sigue presente en la toponimia y en la memoria de lugares como Nirgua, donde la búsqueda de oro atrajo muy pronto a los conquistadores: allí se explotaron las minas de San Pedro de Buría y en 1569 se levantó un fuerte, el de San Juan, para sostener la presencia española en la zona.
Nirgua se fundó en 1628 con el nombre de Nuestra Señora de la Victoria del Prado de Talavera, y un siglo después le llegó el turno a San Felipe: el caserío conocido como Cerrito de Cocorote recibió el título de ciudad en 1729 por real cédula de Felipe V, y en 1731 instaló su primer cabildo. Desde entonces San Felipe organizó la vida del valle, entre haciendas y caminos, con una economía que ya giraba alrededor de la tierra.
El 26 de marzo de 1812, el terremoto que sacudió a buena parte de Venezuela destruyó San Felipe y dejó numerosas víctimas. La ciudad se levantó de nuevo, y hoy el Parque Histórico Arqueológico San Felipe El Fuerte conserva la memoria de aquel asentamiento colonial y de sus primeros siglos. Caminar por ese parque es una manera directa de entender que la capital yaracuyana ha tenido que rehacerse, y que su trazado actual es hijo de esa reconstrucción.
En el siglo XX, Yaracuy se consolidó como un valle agrícola e industrial al paso del eje que une Barquisimeto con Valencia, y su capital se dotó de edificios modernos como la catedral de San Felipe, inaugurada en 1973 con un diseño de Erasmo Calvani. Al mismo tiempo, una expresión religiosa nacida en el campo yaracuyano, el culto a María Lionza, creció con las migraciones hacia las ciudades hasta convertirse en una de las devociones populares más extendidas del país, con Sorte como su centro.