Antes de la fundación española, los valles trujillanos estaban habitados por los cuicas, un pueblo de la familia timoto-cuica emparentado culturalmente con los grupos chibchas de los Andes. Cultivaban maíz, papa y algodón en terrazas sobre las laderas, trabajaban la cerámica con destreza y se organizaban en parcialidades como los escuqueyes, los carachis o los betijoqueyes, cuyos nombres sobreviven en el mapa del estado. Su lengua se extinguió, pero su manera de habitar la montaña sigue visible en los cultivos escalonados.
La ciudad de Trujillo fue fundada el 9 de octubre de 1557 por Diego García de Paredes, lo que la convierte en una de las más antiguas de Venezuela. Su primer siglo fue inquieto: entre la resistencia indígena y los movimientos sísmicos se trasladó varias veces antes de fijarse en 1570 en el valle que hoy ocupa, y de ahí viene el apodo de ciudad portátil. Boconó nació poco después, en 1563, y La Puerta en 1620, con el nombre de San Pablo de Momboy.
Durante la independencia, Trujillo fue escenario de dos momentos decisivos. El 15 de junio de 1813, en plena Campaña Admirable, Simón Bolívar firmó en la ciudad el Decreto de Guerra a Muerte; pocos días después, el 2 de julio, las tropas de José Félix Ribas vencieron en el páramo de Niquitao. En noviembre de 1820, también en Trujillo, Bolívar y Pablo Morillo firmaron el armisticio y el tratado de regularización de la guerra, sellados con el abrazo de Santa Ana.
Trujillo se constituyó como estado en 1863. Desde entonces su identidad se ha tejido con el café de Boconó, la devoción popular y una forma de vida rural que no ha perdido el centro. El médico José Gregorio Hernández, nacido en Isnotú en 1864 y canonizado en 2025, es hoy el trujillano más querido del país, y su pueblo natal recibe peregrinos de todas partes. Sobre la capital, desde 1983, la Virgen de la Paz resume esa mezcla de fe y montaña.